Ustawa o podatku od towarów i usług nie definiuje pojęcia kaucji. Dlatego też dla zrozumienia jej istoty należy posłużyć się jej definicją słownikową. W myśl Słownika języka polskiego PWN kaucja jest to określona suma pieniężna, złożona jako gwarancja dotrzymania zobowiązania i stanowiąca odszkodowanie w razie niedopełnienia zobowiązania. Jest ona ze swej istoty świadczeniem o charakterze zwrotnym i nie stanowi zaliczki za wykonaną czynność (sama także nie jest usługą).

Podstawa opodatkowania podatkiem VAT została określona w art. 29 ustawy. Ust. 1 tego przepisu wskazuje, że jest nią obrót. Obrotem z kolei jest kwota należna z tytułu sprzedaży, pomniejszona o kwotę należnego VAT. Jeśli jednak firma pobrała zaliczkę, zadatek lub przedpłatę – to obrotem jest również kwota otrzymanych zaliczek, zadatków i przedpłat pomniejszona o przypadającą od nich kwotę podatku. Oznacza to, iż otrzymanej kaucji nie powinno się utożsamiać z zaliczką, zadatkiem czy przedpłatą, które na gruncie VAT skutkują powstaniem obowiązku podatkowego. Należy pamiętać, że w VAT powstaniem obowiązku podatkowego skutkują zaliczki stanowiące część należności z tytułu wykonania usługi lub dostawy towarów, związane z konkretną dostawą lub wykonaniem usługi. Otrzymana kaucja nie spełnia tego warunku i nie stanowi tym samym części ceny. Stanowisko to potwierdzają w swoich interpretacjach organy skarbowe (np. pismo Naczelnika Urzędu Skarbowego Warszawa – Ursynów z 26 września 2007 r. nr 1438/VAT2/443-91/07/298-109/JB).

Warto jednak, w celu uniknięcia wątpliwości, czy w konkretnym przypadku otrzymana kaucja jest obrotem, w umowie zawieranej z kontrahentem (np. umowie najmu) wyraźnie wyodrębnić ją obok wynagrodzenia. Należy także zastrzec w umowie, iż kaucja podlega zwrotowi w przypadku prawidłowego i terminowego wykonania umowy. Niekiedy jednak umowy przewidują automatyczne zaliczenie kaucji na poczet zapłaty za określone czynności opodatkowane VAT (np. zapłata czynszu za ostatni okres użytkowania przedmiotu najmu). Wówczas powinno się uznać kaucję za zaliczkę i opodatkować ją VAT. W tym momencie rodzi się pytanie o to, kiedy powstaje obowiązek podatkowy dla tej czynności. Większość organów podatkowych prezentuje stanowisko, zgodnie z którym w takim przypadku ustalenia tego momentu należy dokonać w oparciu o art. 19 ust. 11 uptu – tj. z momentem otrzymania części należności. Jednak zdaniem autora takie postępowanie nie jest poprawne, gdyż obowiązek podatkowy powstaje dopiero w momencie zaliczenia kaucji na poczet należności za sprzedany towar lub wykonaną usługę i dopiero wówczas powinno się ją traktować jako obrót w rozumieniu art. 29 uptu.