Zgodnie z ogólną zasadą zawartą w art. 19 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług, obowiązek podatkowy powstaje z chwilą wydania towaru lub wykonania usługi, przy czym jeżeli dostawa towaru lub wykonanie usługi powinny być potwierdzone fakturą, obowiązek ten powstaje z chwilą wystawienia faktury, nie później jednak niż w siódmym dniu, licząc od dnia wydania towaru lub wykonania usługi (ust. 3).

Od powyższego ustawodawca przewidział jednak szereg wyjątków. Jeden z nich, określony w art. 19 ust. 11 ustawy wskazuje, iż jeżeli przed wydaniem towaru lub wykonaniem usługi otrzymano część należności, w tym m.in. zaliczkę, obowiązek podatkowy powstaje z chwilą jej otrzymania w tej części.

Tym samym w przedstawionej we wstępie sytuacji podatnik musi opodatkować otrzymane zaliczki podatkiem VAT. Podstawa opodatkowania została z kolei określona w art. 29 ustawy, który wskazuje, iż należy przez nią rozumieć obrót (tj. kwota należna z tytułu sprzedaży, pomniejszona o kwotę należnego podatku). W przypadku pobrania zaliczki, zadatku, przedpłaty lub raty, obrotem jest kwota tych otrzymanych zaliczek, zadatków, przedpłat lub rat, pomniejszona o przypadającą od nich kwotę podatku (art. 29 ust. 2 ustawy). Dotyczy to także otrzymanych zaliczek na dotacje, subwencje i na inne dopłaty o podobnym charakterze.

Z powyższego przepisu wynika, iż otrzymana zaliczka jest kwotą brutto. Trzeba zatem wyodrębnić z niej podatek VAT. Należy tutaj stosować stawkę VAT właściwą dla danego towaru lub usługi, na poczet którego zaliczka ta została wpłacona. Sposób liczenia podatku w takiej sytuacji został wskazany w §10 ust. 4 pkt 5 rozporządzenia w sprawie faktur (§10 tego rozporządzenia wskazuje, jakie elementy powinna zawierać faktura dokumentująca otrzymanie zaliczki, w tym jak wyodrębnić kwotę podatku VAT). I tak podatek ten liczy się w następujący sposób (tzw. metoda „w stu”):
KP= (ZB x SP) / (100 + SP)
gdzie:
KP - oznacza kwotę podatku,
ZB - oznacza kwotę otrzymanej części lub całości należności brutto,
SP - oznacza stawkę podatku.

W naszym przykładzie podatnik otrzymał cztery zaliczki, każdą w wysokości 4 000 zł. Dostawa towaru, na poczet którego zaliczki te zostały wpłacone, jest natomiast opodatkowana 22-proc. stawką VAT. Tym samym wartość netto oraz podatek VAT od poszczególnych zaliczek będzie wynosić:
KP = (4 000 zł x 22 %) / (100 + 22%) = 721,31 zł – wartość podatku
Wartość netto: 4 000 zł – 721,31 zł = 3 278,69 zł

Przypomnijmy w tym miejscu, iż sprzedawca ma obowiązek udokumentować otrzymaną zaliczkę fakturą VAT. §10 powyższego rozporządzenia wskazuje, iż ma on na to 7 dni licząc od dnia, w którym otrzymał daną zaliczkę. Należy jednak pamiętać, iż tutaj wystawienie takiej faktury nie wpływa na moment powstania obowiązku podatkowego. Ten bowiem zawsze powstaje z chwilą otrzymania zaliczki na nie wystawienia faktury VAT ją dokumentującej.