To, kiedy należy wystawić fakturę wewnętrzną, mówi art. 106 ust. 7 ustawy o VAT. Jest tak w przypadku czynności wymienionych w art. 7 ust. 2 i art. 8 ust. 2 (czyli nieodpłatnego przekazania towarów i nieodpłatnego świadczenia usług, które zostały zrównane z czynnościami odpłatnymi), wewnętrzwspólnotowego nabycia towarów, dostawy towarów, dla której podatnikiem jest ich nabywca oraz świadczenia usług, dla którym podatnikiem jest ich usługobiorca. Faktury wewnętrzne są wystawiane także dla udokumentowania zwróconych kwot dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze.

Co się z kolei tyczy przepisów regulujących zasady wystawiania takich faktur, ustawodawca w §24 rozporządzenia Ministra Finansów m.in. w zakresie wystawiania faktur VAT wskazał, że stosuje się tutaj odpowiednio regulacje dotyczące zwykłych faktur VAT zawartych w tym rozporządzeniu, z tym że w przypadku czynności określonych w art. 7 ust. 2 i art. 8 ust. 2 ustawy, gdy brak jest konkretnego nabywcy towaru lub usługi, faktura taka nie zawiera danych dotyczących tego nabywcy oraz kwoty należnej z tytułu wykonania tych czynności, zaś w odniesieniu do wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów, dostawy towarów, dla której podatnikiem jest ich nabywca, oraz świadczenia usług, dla którego podatnikiem jest ich usługobiorca, faktury wewnętrzne mogą nie zawierać numeru identyfikacji podatkowej kontrahenta.

Faktury wewnętrzne można ponadto wystawić w jednym egzemplarzu i należy je przechowywać wraz z całą dokumentacją dotyczącą podatku. Na tym regulacje się kończą. Powyższe dotyczy oczywiście „papierowych” faktur VAT.

Co się zaś tyczy faktur elektronicznych, w przepisach regulujących tę kwestię ustawodawca w ogóle nie wspomina o fakturach wewnętrznych. Ponieważ jednak nakazuje on w ich przypadku stosować przepisy dotyczące zwykłych „papierowych” faktur VAT, zdaniem autora nie ma przeszkód, aby stosować do nich także regulacje dotyczące faktur elektronicznych.

Jeżeli zatem podatnik spełni wymogi nałożone obecnie rozporządzeniem Ministra Finansów z dnia 17 grudnia 2010 r. w sprawie przesyłania faktur w formie elektronicznej, zasad ich przechowywania oraz trybu udostępniania organowi podatkowemu lub organowi kontroli skarbowej w stosunku do faktur wewnętrznych, to zdaniem autora mogą one przyjąć postać dokumentu elektronicznego.

Najważniejsze z tych warunków znalazły się w §6 tego rozporządzenia, który to mówi, że faktury takie winny być przechowywane w podziale na okresy rozliczeniowe w dowolny sposób zapewniający:
1) autentyczność pochodzenia, integralność treści i czytelność tych faktur od momentu ich wystawienia do czasu upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego;
2) łatwe ich odszukanie;
3) organowi podatkowemu lub organowi kontroli skarbowej na żądanie, zgodnie z odrębnymi przepisami, bezzwłoczny dostęp do faktur.

Oczywiście przytoczony przepis odnosi się do faktury przesyłanych drogą elektorniczą, zaś faktury wewnętrzne nie wychodzą poza firmę, lecz zdaniem autora należy go stosować także w przypadku tego typu faktur.