> Mieszkam,korzystam z internetu i pracuję w mieście X oddalonym od miasta Y
> mojego zameldowania o 2km.

To zależy co rozumiesz przez "miejsce zamieszkania oddalone od miejsca
zameldowania".
"" Miejsce zamieszkania, w stosunku do którego dokonywane jest odliczenie,
powinno być zgodne z miejscem zamieszkania, określonym w formularzu NIP-1
lub NIP-3, złożonym w urzędzie skarbowym. Nie musi to być miejsce
zameldowania, jednak musi to być faktyczne miejsce zamieszkania podatnika.
""
Czyli jak w NIP podałeś miejsce zameldowania to raczej nie możesz
odliczyć...

A dostawca musi Ci dać zaległe faktury lub ich duplikaty.