Wyrok WSA dotyczy szwedzkiej firmy, zarejestrowanej w Polsce jako podatnik VAT, której Urząd Skarbowy odmówił zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym. Podstawę ubiegania się przez firmę o prawo do zwrotu stanowiła faktura za sprzedaż złomu z dnia 31 stycznia 2005 r.

Organ podatkowy uznał, że w świetle obowiązujących przepisów firma nie dokonała czynności warunkującej uzyskanie zwrotu. Dodatkowo obciążył firmę 30-procentową sankcją. Takie stanowisko podtrzymała Izba Skarbowa.

Zgodnie z obowiązującymi wówczas przepisami jednym z warunków uprawniających do otrzymania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym było wykonanie w okresie rozliczeniowym czynności opodatkowanych VAT. Organ podniósł jednak, iż zgodnie z art. 19 ust. 13 pkt 5 ustawy o VAT w razie sprzedaży złomu obowiązek podatkowy powstaje nie w momencie wystawienia faktury, ale zapłaty kwoty na niej wskazanej. W przedmiotowej sytuacji zapłata nastąpiła później.

Zdaniem WSA organy podatkowe dokonały błędnej interpretacji przepisów ustawy o VAT. Zgodnie z art. 86 ust. 19 ustawy o VAT uprawnienie do zwrotu podatku VAT powstaje w momencie dokonania czynności podlegającej opodatkowaniu, a nie w momencie powstania obowiązku podatkowego. Dokonaniem jest w tym przypadku moment sprzedaży. Tym samym firma miała prawo ubiegać się o zwrot VAT w deklaracji za miesiąc styczeń 2005, a powstanie obowiązku podatkowego później WSA uznał za pozostające bez wpływu na uprawnienie do uzyskania zwrotu nadwyżki podatkowej.

Wyrażone w wyroku stanowisko Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie może mieć także istotne znaczenie dla firm, które obecnie ubiegają się o zwrot nadwyżki. Zmiana przepisów z dnia 1 grudnia 2008 r. otworzyła drogę do występowania z takimi wnioskami także za okresy, gdy firmy nie wykonywały czynności opodatkowanych. Skorzystanie z takiej możliwości powoduje jednak konieczność oczekiwania na wypłacenie sum pieniężnych z tytułu zwrotu nadpłaconego podatku nie do 60, a do 180 dni. Z tego względu ustalenie charakteru czynności dokonywanej przez podatnika nadal zachowuje znaczenie.