30 września 2010 r. Prezes Rady Ministrów przedstawił Sejmowi RP rządowy projekt ustaw związanych z realizacją ustawy budżetowej, w tym o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług, którego celem jest m. in. wprowadzenie zapowiadanej wcześniej zmiany w zakresie stawek VAT.

Pierwotny projekt nowelizacji ustawy o VAT został przedstawiony 9 września 2010 r. Rada Podatkowa PKPP Lewiatan przekazała 16 września 2010 r. opinie do projektu, w której wskazywała na konieczność wprowadzenia określonych przepisów przejściowych.

Przedstawiony projekt nowelizacji w zakresie zmiany stawek zawarty na druku 3440 zawiera, w odróżnieniu od pierwotnej wersji ustawy, pewne przepisy przejściowe, co Rada Podatkowa PKPP Lewiatan przyjmuje z uznaniem. Jednakże nie można nie zwrócić uwagi na fakt, że zaprezentowane przepisy przejściowe są nadal niewystarczające, a sam projekt nowelizacji ustawy o podatku od towarów i usług zawarty w projekcie ustawy o zmianie niektórych ustaw związanych z realizacją ustawy budżetowej nadal powoduje wśród podatników ogromne kontrowersje.

I. Przepisy przejściowe
Zdaniem Rady Podatkowej PKPP Lewiatan rząd, wprowadzając nowe stawki podatku VAT powinien był zadbać o minimalizację wszelkich niezamierzonych ubocznych skutków podwyżek VAT, tam gdzie to jest ekonomicznie i prawnie możliwe.

Skutkiem obecnego brzmienia przepisów przejściowych będzie m.in. opodatkowanie tych samych czynności w tym samym czasie według różnych stawek VAT. Projekt zakłada, że decydującym kryterium przy określaniu stosowania stawki (sprzed lub po nowelizacji) jest moment wykonania usługi. W przypadku usług o charakterze ciągłym za wykonanie usługi przyjmowane jest zakończenie okresu rozliczeniowego. W efekcie usługi wykonywane w sposób ciągły, dla których przyjęto roczny okres rozliczeniowy będą opodatkowane np. według stawki 23% VAT, jeśli tylko zakończenie okresu rozliczeniowego będzie miało miejsce już w nowym roku. Przykładowo usługi, dla których przyjęto roczny okres rozliczeniowy od 15 stycznia 2010 r., a kończący się 14 stycznia 2011 r. będą w całości opodatkowane stawką 23%. Innym przykładem są usługi telekomunikacyjne, jeśli klient rozlicza się w okresie np. od 5 do 4 następnego miesiąca, usługi telekomunikacyjne wykonane w grudniu będą opodatkowane według stawki 23%, a te same usługi u klienta, który rozlicza się w okresie od pierwszego do ostatniego dnia miesiąca będą opodatkowane stawką 22%.

Sytuacja taka (opodatkowanie według różnych stawek identycznych czynności wykonywanych w tym samym okresie w zależności jedynie od przyjętego okresu rozliczeniowego) skutkuje naruszeniem konstytucyjnej zasady poszanowania praw nabytych, równości wobec prawa oraz zasady niedziałania prawa wstecz. Dodatkowo sytuacja taka narusza zasadę neutralności podatku VAT.

Projekt powinien zostać uzupełniony o specyficzne regulacje dla pewnego rodzaju usług ciągłych, dla których obowiązek podatkowy powstaje w innym momencie niż wystawienie faktury i w innym momencie niż otrzymanie płatności (w szczególności chodzi o takie sytuacje gdy obowiązek powstaje z chwilą upływu terminu płatności). Dotyczy to zarówno przypadków, gdy obowiązek podatkowy powstanie w starym roku a czynność będzie wykonana w nowym roku, jak i przypadków, gdy w starym roku zostaje przez podatnika wystawiona faktura (zgodnie z obowiązującymi regulacjami) a dopiero w nowym roku powstanie obowiązek podatkowy lub zostanie wykona czynność.

II. Brak uwzględnienia specyfiki branż lub rodzajów działalności, w których cena jest regulowana urzędowo lub też, gdy odrębne regulacje wpływają na jej stosowanie.
Brak możliwości podwyższenia ceny przez podatnika w taki sposób, aby cena uwzględniała wzrost stawki VAT, spowoduje przeniesienie na podatnika ciężaru podwyżki. Jest to sprzeczne z podstawowymi zasadami funkcjonowania podatku VAT, który w sensie ekonomicznym jest podatkiem obciążającym konsumentów, a nie podatników (zasada neutralności)
.
Prawo zamówień publicznych
1. W związku z planowanym podwyższeniem stawek podatku VAT należy wprowadzić do ustawy Prawo zamówień publicznych przepis umożliwiający podwyższenie proporcjonalne wartości zawartych kontraktów na podstawie ofert złożonych na podstawie ustawy Prawo zamówień publicznych przed ogłoszeniem Ustawy o zmianie ustawy o VAT.

Alternatywnie, zamiast powyższego można przyjąć przepis przejściowy utrzymujący dotychczasowe stawki VAT dla kontraktów zawartych na podstawie ofert złożonych przed ogłoszeniem Ustawy o zmianie ustawy o VAT. Powyższa zmiana ma pozwolić na zachowanie zasady neutralności podatku VAT, a tym samym uniknięcie ponoszenia ciężaru podatku VAT przez podatnika dokonującego dostawy lub świadczenia usług. Taki skutek byłby niezgodny z zasadami wspólnotowego VAT i naruszałby przepisy Dyrektywy 2006/112/WE.