>>> Kontrahenci powinni doplacic te 23vatu.
>>
>> Dlaczego? Zgodnie z ideą podatku od towarów i usług liczy się go od
>> obrotu
>> (a więc od brutto).
>
> A co ma sposób liczenia VAT do podatku należnego w tym przypadku?

Nie *sposób* liczenia, a to, co jest podstawą do jego liczenia. Zgodnie z
założeniami podatku VAT nie powinni dopłacać 23% VAT, tylko należy
odprowdzić VAT od tego, co jest należne (VAT od ceny usługi/towaru).
Techniczny (matematyczny) sposób obliczania podatku nie ma znaczenia, można
jedną z co najmniej z 6 metod to zrobić.