Przede wszystkim należy pamiętać o tym, że odliczać można podatek jedynie od zakupów związanych z wykonywaniem czynności opodatkowanych. Zasada taka występuje także w przypadku korygowania deklaracji z uwagi na zmianę podatku naliczonego. Zgodnie z ogólnymi zasadami wynikającymi z art. 86 ust. 10 i 11 ustawy o VAT, podatnik ma prawo odliczyć taki podatek w rozliczeniu za okres w którym otrzymał fakturę lub dokument celny bądź za okres następny. Warto także zwrócić uwagę na art. 86 ust. 12 tejże ustawy, który dodatkowo warunkuje prawo do odliczenia podatku od nabycia prawa do rozporządzania towarem jak właściciel. Zgodnie bowiem z tym przepisem w sytuacji, gdy podatnik otrzymał fakturę przed nabyciem prawa do rozporządzania towarem jak właściciel albo przed wykonaniem usługi, prawo do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony z tych faktur (z pewnymi wyjątkami) powstaje z chwilą nabycia prawa do rozporządzania towarem lub z chwilą wykonania usługi.

Podatnik ma zatem co do zasady dwa okresy rozliczeniowe (miesiące lub kwartały) na odliczenie podatku naliczonego. Jeżeli nie dokona tego odliczenia w tych terminach z różnych powodów (np. faktura się zagubiła, po czym po trzech miesiącach znalazła), ustawodawca umożliwił mu jego odliczenie poprzez złożenie korekty deklaracji podatkowej za okres, w którym wystąpiło prawo do obniżenia podatku należnego (art. 86 ust. 13 ustawy). Podatnik może taką korektę złożyć nie później niż w ciągu pięciu lat, licząc od początku roku, w którym wystąpiło prawo do obniżenia podatku należnego.

Powyższy okres na złożenie korekty jest mylony z okresem złożenia korekty określonym w ordynacji podatkowej. Zgodnie bowiem z tą ustawą podatnik może korygować swoje deklaracje tak długo, aż się nie przedawni zobowiązanie podatkowe. Te natomiast co do zasady przedawniają się po pięciu latach, ale licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku (czyli np. w przypadku zeznania rocznego za rok 2007, może być ono korygowane aż do 2013 roku – termin płatności podatku od tego zeznania przypada bowiem w roku 2008).

W ustawie o podatku od towarów i usług natomiast (w zakresie zwiększenia podatku naliczonego do odliczenia) ustawodawca też co prawda dał pięć lat na korektę zeznania, ale termin ten liczy się od początku roku, w którym wystąpiło prawo do obniżenia podatku należnego. Taka konstrukcja przepisu zatem w niektórych okresach rozliczeniowych powoduje, że podatnik nie będzie miał 5 lat, a np. 4,5 roku lub jeszcze mniej. Jeżeli bowiem prawo do odliczenia nastąpiło w miesiącu lipcu 2007 r., to podatnik ma prawo do złożenia korekty do końca 2011 roku (pięcioletni okres liczy się od 01 stycznia 2007 roku, czyli nasz podatnik z pięcioletniego okresu traci już pół roku).

Uwaga!

Jeżeli podatnik nie złoży korekty stosownej deklaracji w obowiązującym terminie, bezpowrotnie traci prawo do obniżenia podatku należnego o podatek wynikający z faktur, które miały być przyczyną złożenia korekty. Podatek ten nie będzie ponadto kosztem podatnika w myśl przepisów ustaw o podatku dochodowym. W art. 16 ust. 1pkt 46 ustawy o CIT oraz 23 ust. 1 pkt 43 ustawy o PIT ustawodawca wskazuje, że uważa się za koszty uzyskania przychodów podatek naliczony w części, w której zgodnie z przepisami ustawy o podatku od towarów i usług podatnikowi nie przysługuje obniżenie kwoty lub zwrot różnicy podatku od towarów i usług – jeżeli nie powiększa ona wartości środka trwałego lub wartości niematerialnej i prawnej. Pamiętać jednak należy, że dotyczy to jedynie podatku naliczonego od towarów i usług, w stosunku do których podatnikowi nie przysługiwało prawo do jego odliczenia. Natomiast w opisywanej przez nas sytuacji podatnik miał prawo podatek ten odliczyć lecz nie dokonał tego w obowiązującym terminie.