Zasady opodatkowania marży zostały określone w art. 120 ustawy o podatku od towarów i usług. Polega ona na tym, iż opodatkowaniu podlega jedynie marża uzyskana ze sprzedaży a nie cały obrót. Marżą jest tutaj różnica pomiędzy całkowitą kwotą, którą płaci nabywca tego towaru, a kwotą nabycia zapłaconą przez dostawcę – po pomniejszeniu o VAT należny.

Ma ona zastosowanie jedynie w przypadku dostawy towarów używanych, dzieł sztuki, przedmiotów kolekcjonerskich lub antyków. Ponadto aby z tej szczególnej procedury skorzystać, wymienione towary musiały zostać nabyte od:
które podatnik nabył od (art. 120 ust. 10 ustawy o VAT):

1. osoby fizycznej, osoby prawnej lub jednostki organizacyjnej niemającej osobowości prawnej, niebędącej podatnikiem, o którym mowa w art. 15, lub niebędącej podatnikiem podatku od wartości dodanej;
2. podatników, o których mowa w art. 15, jeżeli dostawa tych towarów była zwolniona od podatku na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 2 lub art. 113;
3. podatników, jeżeli dostawa tych towarów była opodatkowana zgodnie z ust. 4 i 5;
4. podatników podatku od wartości dodanej, jeżeli dostawa tych towarów była zwolniona od podatku na zasadach odpowiadających regulacjom zawartym w art. 43 ust. 1 pkt 2 lub art. 113;
5. podatników podatku od wartości dodanej, jeżeli dostawa tych towarów była opodatkowana podatkiem od wartości dodanej na zasadach odpowiadających regulacjom zawartym w ust. 4 i 5, a nabywca posiada dokumenty jednoznacznie potwierdzające nabycie towarów na tych zasadach.

- czyli w sytuacji, gdy w momencie ich nabycia nie były one podatkiem VAT opodatkowane (bądź opodatkowana była jedynie marża).

Także faktura dokumentująca taką sprzedaż różni się od pozostałych. Jak bowiem wskazuje art. 120 ust. 16 ustawy o VAT, podatnik nie może na niej oddzielnie wykazywać podatku VAT. W jej nazwie natomiast musi znaleźć się określenie „VAT marża”.

W naszym przykładzie faktura ta będzie opiewała na 25 000 zł bez wyodrębniania wartości netto oraz podatku VAT. Marża wraz z podatkiem wynosi 5 000 zł – samochód został zakupiony za 20 000 zł. Trzeba zatem z tej kwoty wyodrębnić wartość netto oraz podatek należny. Należy tego dokonać metodą „w stu” – stawka podatku VAT wynosi tutaj 22%. Należny podatek wynosi:
22 / 122 x 5 000 zł = 901,64 zł
Wartość netto to: 5 000 zł – 901,64 zł = 4 098,36 zł

Jedynie powyższe kwoty należy ująć w deklaracji VAT (pola 28 – wartość netto 4 098,36 zł i 29 – podatek VAT 901,64 zł). Co prawda postępowanie takie nie wynika ani to z samej deklaracji ani też z objaśnień do nich sporządzonych, jednakże to jedyna logiczna możliwość. Pozostałą część kwoty (czyli w naszym przypadku 20 000 zł) należałoby bowiem ująć w pozycji nie mającej wpływu na wysokość podatku. Deklaracja VAT przewiduje jednak taką możliwość dla ściśle określonych przypadków (np. sprzedaż zwolniona) wśród których nie znalazło się miejsce dla procedury VAT marża.

Podobnie sytuacja wygląda w przypadku podatników składających deklaracje VAT-7K czy VAT-7D.