Zgodnie z art. 87 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług, w przypadku gdy kwota podatku naliczonego jest w danym okresie rozliczeniowym wyższa od kwoty podatku należnego, podatnik ma prawo do obniżenia o tę różnicę kwoty podatku należnego za następne okresy lub do zwrotu różnicy na rachunek bankowy.
Ust. 2 powyższego przepisu mówi, iż zwrot różnicy podatku co do zasady następuje w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika na rachunek bankowy podatnika w banku mającym siedzibę na terytorium kraju lub na rachunek podatnika w spółdzielczej kasie oszczędnościowo-kredytowej, której jest członkiem, wskazane w zgłoszeniu identyfikacyjnym, o którym mowa w odrębnych przepisach.

Jednakże w przypadku, gdy podatnik nie wykonał w okresie rozliczeniowym czynności opodatkowanych na terytorium kraju oraz dostawy towarów lub świadczenia usług poza terytorium kraju, w związku z którymi to czynnościami VAT podlega odliczeniu na podstawie art. 86 ust. 8 pkt 1 ustawy, przysługuje mu, na jego umotywowany wniosek złożony wraz z deklaracją podatkową, zwrot kwoty podatku naliczonego, podlegającego odliczeniu od podatku należnego w związku z prowadzoną działalnością gospodarczą na terytorium kraju lub poza tym terytorium, w terminie 180 dni od dnia złożenia rozliczenia. W takiej sytuacji możliwe jest także skrócenie tego terminu do 60 dni, lecz wymaga to złożenia przez podatnika w urzędzie skarbowym zabezpieczenia majątkowego (art. 87 ust. 5a ustawy).

Przytoczone przepisy wskazują zatem, iż jeżeli w danym okresie rozliczeniowym podatnik nie wykonał czynności opodatkowanych, termin zwrotu podatku VAT wynosi 180 dni. Ma to bardzo istotne znaczenie w przykładzie podanym we wstępie.

Otóż nasz podatnik zajmuje się wykonywaniem usług budowlanych. Dla tego typu czynności ustawodawca przewidział szczególny moment powstania obowiązku podatkowego. Art. 19 ust. 13 pkt 2 lit. d) ustawy o VAT mówi bowiem, iż w przypadku usług budowlanych i budowlano-montażowych obowiązek podatkowy powstaje z chwilą otrzymania całości lub części zapłaty, nie później jednak niż 30-tego dnia, licząc od dnia wykonania tych usług.

Co za tym idzie, może powstać sytuacja, w której mimo wykonania tego typu usług w jednym miesiącu, obowiązek podatkowy powstanie dopiero w miesiącu następnym. I z takim przypadkiem mamy do czynienia w naszym przykładzie: podatnik wykonał usługi budowlane w miesiącu wrześniu, ale z uwagi na nie otrzymanie zapłaty, obowiązek podatkowy z tego tytułu podatku VAT wykaże w miesiącu październiku.

W deklaracji za wrzesień nie wykaże zatem podatku należnego a jedynie podatek naliczony, który chciałby wykazać do zwrotu na rachunek bankowy. W jakim terminie ten zwrot powinien otrzymać?

Zdaniem autora jest to termin 60 dni. Przytoczony wyżej art. 87 ust. 5a ustawy o VAT wskazuje bowiem, iż podatnikowi nie przysługuje zwrot w terminie wskazanym w zdaniu poprzednim, a w 180 dniach, jeżeli w danym okresie nie wykonał on czynności opodatkowanych. Nasz podatnik natomiast takie czynności wykonał, a jedynie obowiązek podatkowy z tego tytułu powstanie w miesiącu następnym. Tym samym podstawowym terminem zwrotu podatku będzie dla niego 60 dni bez konieczności składania zabezpieczenia majątkowego, a jeżeli spełni dodatkowe warunki określone w art. 87 ust. 6 ustawy, będzie mógł się ubiegać o zwrot podatku w terminie 25 dni.

Podobne stanowisko zawarł WSA w Warszawie w wyroku z 26 maja 2009 r., sygn. akt III SA/Wa 445/09. Wyrok ten wprawdzie dotyczył stanu prawnego sprzed 1 grudnia 2008 r. (kiedy to weszły w życie zmiany w zakresie zwrotu podatku VAT) lecz jego sentencja jest nadal aktualna.