Wniosek o wydanie wyroku w trybie prejudycjalnym został złożony przez Naczelny Sąd Administracyjny w ramach sporu pomiędzy Elektrownią Pątnów II sp. z o.o. (dalej „Elektrownia”) a Dyrektorem Izby Skarbowej w Poznaniu co do stosowania polskiej ustawy dotyczącej opodatkowania czynności dokonywanych w zakresie gromadzenia kapitału.

Elektrownia jest spółką zależną Zespołu Elektrowni Pątnów-Adamów-Konin S.A. (dalej „spółka dominująca”), która a latach 2002 – 2004 udzieliła Elektrowni kilku pożyczek. Zgodnie z obowiązującą wówczas polską ustawą Elektrownia zapłaciła podatek od czynności cywilnoprawnych z tytułu zaciągniętych pożyczek. W dniu 25 lipca 2005 r. spółka dominująca zawarła z Elektrownią porozumienie przewidujące zamianę wierzytelności przysługujących jej z tytułu pożyczek na udziały w Elektrowni Pątnów w wyniku czego doszło do umorzenia długu Elektrowni wobec spółki dominującej, a także do podwyższenia kapitału tej spółki zależnej. Podwyższenie kapitału stanowiło zmianę umowy spółki, która była opodatkowana podatkiem od czynności cywilnoprawnych. Elektrownia wszczęła następnie postępowanie przed organami podatkowymi, twierdząc, że została podwójnie opodatkowana podatkiem od czynności cywilnoprawnych z tytułu konwersji pożyczki na kapitał zakładowy, z naruszeniem art. 5 ust. dyrektywy, obowiązującej na terytorium Polski od dnia 1 maja 2004 r. w następstwie przystąpienia do UE. Organy podatkowe oddaliły wniosek o stwierdzenie nadpłaty w związku z czym Elektrownia wniosła skargę do sądu administracyjnego, który skargę oddalił. Elektrownia wniosła skargę kasacyjną.

ETS w wyroku stwierdził że opodatkowanie pożyczek, które zostały zaciągnięte przed przystąpieniem Polski do UE, miało miejsce na podstawie ustawodawstwa obowiązującego w dniu sporządzenie aktów prawnych stwierdzających udzielenie pożyczek, a wprowadzenie do prawa polskiego dyrektywy zakazującej ponownego opodatkowania tych samych kwot z tytułu włączenia ich do kapitału zakładowego nie może być traktowane jako zakwestionowanie dokonanego już opodatkowania, czyli tym samym jako środek retroaktywny. Jedynym celem tej regulacji jest uniemożliwienie podwójnego opodatkowania tej samej podstawy. Dyrektywa ta znajduje zastosowanie od chwili jej wejścia w życie zarówno do pożyczek już zaciągniętych przed przystąpieniem Polski do UE zamienionych następnie na udziały po akcesji, jak i do pożyczek zaciągniętych po przystąpieniu.

Konkludując, przystąpienie Polski do UE skutkowało m.in. wprowadzeniem zakazu podwójnego opodatkowania, a przepisy dyrektywy należy stosować nie tylko do zdarzeń prawnych, które miały miejsce po przystąpieniu Polski do UE. Wyrok ETS z pewnością spowoduje zmianę podejścia organów podatkowych do tych kwestii.