W zdecydowanie prostszej sytuacji znajdują się podatnicy prowadzący Podatkową Księgę Przychodów i Rozchodów, którzy nie prowadzą ewidencji magazynowej, zaś stan środków obrotowych wynikający ze spisu z natury koryguje bezpośrednio wartość podatkowych kosztów uzyskania przychodów naliczonych w ciągu roku podatkowego.

U podatników prowadzących pełną księgowość w wyniku przeprowadzenia obowiązkowej inwentaryzacji może okazać się, że danych środków obrotowych jest mniej niż wynika to z prowadzonej ewidencji. Wówczas będziemy mieli do czynienia z tzw. „niedoborem inwentaryzacyjnym”, oraz koniecznością jego kwalifikacji kosztowej na potrzeby wyliczenia należnego za rok obrotowy podatku dochodowego. Ustawy o podatkach dochodowych nie zabraniają przedsiębiorcom uznania takich niedoborów za podatkowe koszty uzyskania przychodów. Przy czym ocena kosztotwórczego podatkowo charakteru takich niedoborów wymaga zawsze indywidualnej oceny, przy uwzględnieniu następujących przesłanek:

1. całokształtu działalności prowadzonej przez podatnika,
2. okoliczności, które spowodowały powstanie straty,
3. sposobu udokumentowania strat.

Przedsiębiorca po ujawnieniu różnic magazynowych winien wszcząć postępowanie wyjaśniające przyczyny ich powstania. Wyniki takiego postępowania powinny pozwolić na określenie, czy niedobór ma charakter zawiniony czy też niezawiniony. Z niedoborami niezawinionymi będziemy mieli do czynienia wówczas, gdy są one wynikiem zdarzenia losowego (powodzi, pożaru, kradzieży itp.) ale tylko w sytuacji gdy przedsiębiorca dołożył należytej staranności w celu jej uniknięcia. Niedobory niezawinione mogą zostać zakwalifikowany jako zwiększające podatkowe koszty uzyskania przychodu pod tym jednak warunkiem, iż powstały w trakcie normalnego i racjonalnego działania firmy. Warunkiem zaliczenia strat w środkach obrotowych do kosztów uzyskania przychodów jest ich odpowiednie udokumentowanie, np. poprzez pisemne wyjaśnienia osób materialnie odpowiedzialnych, protokół opisujący zdarzenie, jego przyczynę, wskazujący datę powstania zdarzenia oraz dokładne obliczenie wielkości straty.

Należy jednak pamiętać, że jeśli wydatek na zakup środków obrotowych jest kwalifikowany kosztowo w dacie poniesienia, to późniejsze ujawnienie straty nie będzie podstawą do ponownego zwiększenia kosztów podatkowych prowadzonej działalności.

Kwestia możliwości zaliczania wydatków do kosztów uzyskania przychodów wpływała do niedawna na rozwiązania zastosowane w ustawie o VAT, które uzależniały możliwość odliczenia podatku naliczonego przy wydatku od jego kwalifikacji kosztowej w podatku dochodowym. Obowiązujący do dnia 30 listopada 2008 roku art. 88 ust. 1 pkt 2 ustawy o VAT, stanowił bowiem, że obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku należnego nie stosuje się do nabywanych przez podatnika towarów i usług, jeżeli wydatki na ich nabycie nie mogłyby być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym, z wyjątkiem przypadków, gdy brak możliwości zaliczenia tych wydatków do kosztów uzyskania przychodów pozostaje w bezpośrednim związku ze zwolnieniem od podatku dochodowego. Taka konstrukcja wywoływała obawę, że podatnik winien dokonać korekt deklaracji VAT-7, w przypadku stwierdzenia powstania zawinionego niedoboru lub niedoboru niezawinionego lecz nienależycie udokumentowanego.

Obecnie, ze względu na zmiany wprowadzone w podatku od towarów i usług ustawą z dnia 7 listopada 2008 roku o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz niektórych innych ustaw, powołany wyżej przepis został uchylony, w wyniku czego z dniem 1 grudnia 2008 roku (data wejścia w życie powołanej ustawy z dnia 7 listopada 2008 roku o zmianie podatku od towarów i usług ...) nie może być wątpliwości, że ujawnione różnice w stanach magazynowych nie wymagają korekty podatku naliczonego przy zakupie środków obrotowych.