> Chodzi o to że jedynym dokumentem, który kupujący otrzymał z komisu przy
> zakupie samochodu jest "faktura marża", na której widnieje tylko kwota
> marży.


??? Normalnie powinna widnieć kwota, jaką zapłaciłeś. A poza tym skad wiesz,
że widniejąca tam kwota jest marżą sprzedawcy? Sugerujesz sie nazwą faktury?
Jesli tak, to błędnie rozumujesz.

> Rzeczywista cena jaką kupujący zapłacił w komisie nie jest nigdzie
> wyszczególniona.

Ta własnie kwota powinna byc na fakturze VAT-marża jako kwota brutto. Jesli
jest inaczej, to ktoskombinuje (komisy to lubią robić)

> Taka faktura wystarczy do zarejestrowania w urzedzie komunikacji, ale czy
> kupujący nie musi odprowadzić jeszcze jakiegoś podatku ? (Tak jak to
> jest w przypadku zakupu od innej osoby fizycznej i umowy cywilno-prawnej)


nie

> W przypadku normalnej - pełnej - faktury takiego obowiązku już nie ma,
> ale co w przypadku faktury typu marża ?

A czy Twoim jest to nienormalna faktura? Zwariowana? :)
Ona jest NORMALNA! Tak jak normalne są też faktury VAT-RR, VAT-MP.