Art. 88 ust. 1 pkt 2 ustawy o podatku od towarów i usług wskazuje wyraźnie: obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku należnego nie stosuje się do nabywanych przez podatnika towarów i usług, jeżeli wydatki na ich nabycie nie mogłyby być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym, z wyjątkiem przypadków, gdy brak możliwości zaliczenia tych wydatków do kosztów uzyskania przychodów pozostaje w bezpośrednim związku ze zwolnieniem od podatku dochodowego.

Lista wyjątków od powyższej zasady znajduje się w art. 88 ust. 3 ustawy o VAT. Zatem reguła określona w art. 88 ust. 1 pkt 2 nie ma zastosowania do

• wydatków związanych z nabyciem towarów i usług, o których mowa w art. 87 ust. 3 (czyli z nabyciem środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych podlegających amortyzacji), oraz z nabyciem gruntów i praw wieczystego użytkowania gruntów,
• wydatków związanych z nabyciem towarów i usług zaliczanych u podatnika do środków trwałych nie podlegających amortyzacji, zgodnie z przepisami o podatku dochodowym, jeżeli fakt ten pozostaje w ścisłym związku ze zwolnieniem od tego podatku,
• wydatków związanych z dostawą towarów oraz świadczeniem usług w przypadkach określonych w art. 7 ust. 2 i art. 8 ust. 2, jeżeli czynności te zostały opodatkowane (czyli przekazania przez podatnika towarów należących do jego przedsiębiorstwa na cele inne niż związane z prowadzonym przedsiębiorstwem, m.in. na cele osobiste podatnika lub jego pracowników, byłych pracowników, wspólników, udziałowców, akcjonariuszy itp., jak też wszelkie inne przekazania, w tym m.in. darowizny, jeżeli przy ich nabyciu przysługiwało podatnikowi prawo do obniżenia podatku należnego o kwotę podatku naliczonego w całości lub części),
• podatku od importu towarów oraz od wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów stanowiących wkłady niepieniężne (aporty) do spółek handlowych,
• wydatków na nabycie towarów celem oddania ich w odpłatne używanie na podstawie umów leasingu, jeżeli zgodnie z przepisami o podatku dochodowym odpisów amortyzacyjnych dokonuje korzystający,
• nabycia towarów przez komisanta na rzecz komitenta w wykonaniu umowy komisu,
• nabycia towarów przez komisanta od komitenta w ramach umowy komisu,
• podatku od wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów w przypadku, o którym mowa w art. 11 (a więc gdy podatnik przemieszcza własne towary na terytorium Polski z terytorium innego państwa członkowskiego, gdzie zostały nabyte lub wytworzone, jeżeli będą one służyć czynnościom wykonywanym na terytorium kraju) .

Wskazać także należy, iż zgodnie z § 21 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27 kwietnia 2004 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług w przypadku przyjęcia w używanie towarów importu a także importu części zamiennych do napraw gwarancyjnych opodatkowanych, obniżenie kwoty podatku należnego o podatek naliczony wynikający z dokumentu celnego jest dokonywane według zasad określonych w ustawie, bez względu na zaliczenie poniesionych wydatków do kosztów uzyskani przychodów w podatkach dochodowych.