Podstawową metodą amortyzacji jest amortyzacja liniowa. Odbywa się ona wg stawek, które zostały określone w Wykazie rocznych stawek amortyzacyjnych, który to stanowi załącznik do ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych a także do ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych.

Powyższa metoda może być modyfikowania zgodnie z zasadami określonymi w art. 22i ust. 2 updof, tj. w sytuacji, gdy budynki i budowle są używane w warunkach pogorszonych bądź złych, maszyny, urządzenia i środki transportu (z wyjątkiem morskiego taboru pływającego) używane są bardziej intensywnie w stosunku do warunków przeciętnych albo wymagających szczególnej sprawności technicznej, bądź gdy maszyny i urządzenia zaliczone do grup 4-6 i 8 KŚT poddawane są szybkiemu postępowi technicznemu.

Możliwe jest także obniżenie stawek amortyzacyjnych określonych w KŚT (art. 22 ust. 5 updof).

Kolejnym sposobem amortyzacji jest metoda degresywna. Ma ona zastosowanie do określonych środków trwałych, a dokładnie do maszyn i urządzeń zaliczonych do grupy 3-6 i 8 KŚT a także środków transportu oprócz samochodów osobowych.

Metoda ta charakteryzuje się tym, że podstawa naliczania odpisów amortyzacyjnych zmienia się w każdym roku podatkowym. Dokładniej zostaje ona pomniejszana o roczną kwotę odpisów naliczoną w roku poprzednim. Czyli w pierwszym roku amortyzacji podstawą jej naliczenia jest wartość początkowa, a w latach następnych wartość początkowa pomniejszona o dotychczasowe odpisy amortyzacyjne. Stawka wynikająca z Wykazu rocznych stawek amortyzacyjnych przy zastosowaniu tej metody zostaje podwyższona maksymalnie współczynnikiem 2,0 a w niektórych sytuacjach nawet do 3,0 (jeżeli więc stawka dla danego środka trwałego wynosi 3 proc., to przy wyborze metody degresywnej stawka ta może zostać podniesiona z reguły do 6 proc.). Jednakże począwszy od roku podatkowego, w którym roczna kwota amortyzacji określona metodą degresywną okaże się niższa od rocznej kwoty amortyzacji określonej metodą liniową, dalszych odpisów amortyzacyjnych dokonuje się według metody liniowej.

Podatnicy mogą także, w przypadku używanych lub ulepszonych środków trwałych, po raz pierwszy wprowadzonych u nich do ewidencji, zastosować indywidualne stawki amortyzacji. Zasady tej metody zostały określone w art. 22j updof. W przepisie tym ustawodawca nie wskazuje konkretnej stawki amortyzacji, a minimalny czas jej trwania, na podstawie którego stawkę tę można ustalić (np. gdy minimalny okres amortyzacji wynosi 24 miesiące, to maksymalna stawka wynosi tutaj 50% w skali roku, w przypadku 60 miesięcy jest to 20% itd.).

Dodatkowo podatnicy rozpoczynający w danym roku podatkowym prowadzenie działalności gospodarczej oraz mali podatnicy mogą dokonać amortyzacji jednorazowej od wartości początkowej środków trwałych zaliczonych do grupy 3-8 KŚT z wyłączeniem samochodów osobowych. Należy jednak pamiętać, iż wysokość takiego odpisu jest limitowana. Obecnie (w latach 2009, 2010) w jednym roku podatkowym nie może ona przekroczyć równowartości 100 000 euro (338 000 zł).

Podatnicy mogą ponadto wybierać pomiędzy miesięcznym, kwartalnym i rocznym naliczaniem odpisów amortyzacyjnych.

To, która z wyżej przytoczonych metod amortyzacji będzie najkorzystniejsza dla podatnika zależy od jego konkretnej sytuacji. Niektórym przedsiębiorcom zależy bowiem na jak najszybszym odniesieniu poniesionych wydatków na nabycie bądź wytworzenie środków trwałych w koszty uzyskania przychodu. Inni natomiast (np. z uwagi na poniesioną stratę na działalności), będą chcieli ujmować w kosztach mniejsze wartości z tytułu amortyzacji środków trwałych. Jeszcze innym, z uwagi na wysokie zaliczki miesięczne w trakcie roku, będzie zależeć na równomiernym rozłożeniu odpisów amortyzacyjnych na dłuższy okres, przez co obniżeniu w tym czasie ulegną zaliczki na podatek.