> Osoba fizyczna kupuje samochód z komisu, otrzymuje z komisu jedynie
> fakturę "marża" na marże komisu.


Chyba nie do końca mas zrację. Otrzymuje fakturę na całość, na samochód
(cena zakupu + marża).

> Poza tym nie są sporządzane żadne inne umowy ani faktury dotyczące
> zakupu i rzeczywista kwota nigdzie nie figuruje.

Co masz na myśli mówić "rzeczywista kwota"? A co do tego, za ile kupił ten
samochód od poprzedniego właściciela, to jego tajemnica.

> Pytanie czy kupujący musi jeszcze odprowadzić jakiś podatek od zakupu?

Polak w Polsce nie.