Przypomnijmy, zgodnie z art. 116 ust. 6 ustawy o VAT, zryczałtowany zwrot podatku zwiększa u nabywcy produktów rolnych kwotę podatku naliczonego w rozliczeniu za okres rozliczeniowy, w którym dokonano zapłaty, pod warunkiem że:
1) nabycie produktów rolnych jest związane z dostawą opodatkowaną;
2) zapłata należności za produkty rolne, obejmująca również kwotę zryczałtowanego zwrotu podatku, nastąpiła na rachunek bankowy rolnika ryczałtowego nie później niż 14. dnia, licząc od dnia zakupu, z wyjątkiem przypadku, gdy rolnik zawarł umowę z podmiotem nabywającym produkty rolne określającą dłuższy termin płatności;
3) w dokumencie stwierdzającym dokonanie zapłaty należności za produkty rolne zostaną podane numer i data wystawienia faktury potwierdzającej nabycie tych produktów albo na fakturze potwierdzającej zakup produktów rolnych podano dane identyfikacyjne dokumentu stwierdzającego dokonanie zapłaty.

Za datę dokonania zapłaty przyjmuje się tutaj datę wydania dyspozycji bankowej przekazania środków finansowych na rachunek bankowy rolnika ryczałtowego, jeżeli dyspozycja ta została zrealizowana (art. 116 ust. 7 ustawy o VAT).

Wcześniej organy podatkowe były zgodne co do tego, że w przypadku nie spełnienia powyższych warunków wynikający z faktur VAT RR zryczałtowany zwrot podatku, który nie zwiększał podatku naliczonego, stawał się kosztem uzyskania przychodu. Przykładem jest tutaj interpretacja indywidualna Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z dnia 08.07.2009 r. nr IPPB5/423-200/09-2/DG, czy z dnia 07.03.2008 r. nr IP-PB3-423-59/08-2/GJ, w których czytamy: „(…) Kwota zryczałtowanego zwrotu podatku jest częścią zapłaconej przez przedsiębiorcę ceny za produkty rolne. O ile więc zakup produktów rolnych od rolnika ryczałtowego ma związek z osiąganiem przez przedsiębiorcę przychodów , kwota zryczałtowanego zwrotu podatku ujęta w kwocie nabycia brutto produktu rolnego stanowi koszt podatkowy.(…)”

Ten sam organ w ostatnim czasie wydał jednak interpretację odmienną od powyższych. Otóż w interpretacji indywidualnej z dnia 16.02.2011 r. nr IPPB5/423-788/10-5/DG Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie uznał, że podatnik ma prawo do uwzględnienia określonej kwoty podatku VAT w kosztach podatkowy tylko wtedy, gdy przepisy VAT-owskie pozbawiają go prawa do odliczenia tego podatku (organ powołał się w interpretacji na art. 16 ust. 1 pkt 46 lit. a) tiret drugie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych).

Jeżeli natomiast podatnikowi nie przysługuje prawo do zwiększenia podatku naliczonego o zryczałtowany zwrot podatku od nabywanych od rolnika ryczałtowego produktów rolnych, w związku z niedopełnieniem obowiązków wynikających z przepisów ustawy o podatku od towarów i usług (którymi tutaj jest nieterminowa zapłaty należności wynikającej z faktury VAT RR), nieodliczony podatek od towarów i usług nie może stanowić kosztów uzyskania przychodów.

Zdaniem autora stanowisko zawarte w ostatniej z interpretacji nie jest prawidłowe. Istnieje jednak istotna obawa, że to, co do tej pory nie budziło większych wątpliwości, obecnie może stać się powodem sporu z organami podatkowymi.