Szczególne procedury dotyczące rolników ryczałtowych zostały określone w art. 115 – 118 ustawy o podatku od towarów i usług. Zgodnie z tymi przepisami rolnikowi ryczałtowemu dokonującemu dostawy produktów rolnych dla podatnika podatku, który rozlicza ten podatek, przysługuje zryczałtowany zwrot podatku z tytułu nabywania niektórych środków produkcji dla rolnictwa opodatkowanych tym podatkiem. Kwota zryczałtowanego zwrotu podatku jest wypłacana rolnikowi ryczałtowemu przez nabywcę produktów rolnych. Stawka tego podatku wynosi natomiast obecnie 7% kwoty należnej z tytułu dostawy produktów rolnych pomniejszonej o kwotę zryczałtowanego zwrotu podatku.

Czynny podatnik VAT nabywający produkty rolne od rolnika ryczałtowego wystawia na taki zakup fakturę oznaczoną symbolem VAT RR. Faktura ta, w odróżnieniu od faktur „standardowych”, zawiera pewne szczególne elementy. Musi być także podpisana zarówno przez rolnika jak i przez nabywcę. Na fakturze tej znajduje się m.in. kwota zryczałtowanego zwrotu podatku od wartości nabytych produktów rolnych (a nie jak w pozostałych przypadkach kwota podatku VAT), którą to – jak już wskazano wyżej – nabywca będący czynnym podatnikiem VAT wypłaca rolnikowi ryczałtowanemu.

Kwoty wypłaconego zryczałtowanego zwrotu podatku nabywca produktów rolnych od rolnika nie finansuje co do zasady z własnej kieszeni. Kwota ta staje się bowiem u takiego nabywcy podatkiem naliczonym podlegającym odliczeniu.

Tutaj jednak należy zwrócić uwagę na jeszcze jedną istotną kwestię. Zgodnie z art. 116 ust. 6 ustawy o VAT, zryczałtowany zwrot podatku zwiększa u nabywcy produktów rolnych kwotę podatku naliczonego, w rozliczeniu za okres rozliczeniowy, w którym dokonano zapłaty, pod warunkiem że:
1) nabycie produktów rolnych jest związane z dostawą opodatkowaną;
2) zapłata należności za produkty rolne, obejmująca również kwotę zryczałtowanego zwrotu podatku, nastąpiła na rachunek bankowy rolnika ryczałtowego nie później niż 14. dnia, licząc od dnia zakupu, z wyjątkiem przypadku, gdy rolnik zawarł umowę z podmiotem nabywającym produkty rolne określającą dłuższy termin płatności;
3) w dokumencie stwierdzającym dokonanie zapłaty należności za produkty rolne zostaną podane numer i data wystawienia faktury potwierdzającej nabycie tych produktów albo na fakturze potwierdzającej zakup produktów rolnych podano dane identyfikacyjne dokumentu stwierdzającego dokonanie zapłaty.

Za datę dokonania zapłaty uważa się datę wydania dyspozycji bankowej przekazania środków finansowych na rachunek bankowy rolnika ryczałtowego, jeżeli dyspozycja ta została zrealizowana (art. 186 ust. 7 ustawy o VAT).

Ustawodawca bardzo restrykcyjne zatem podszedł do odliczania zryczałtowanego zwrotu podatku wynikającego z faktur VAT RR. Przede wszystkim zapłata musi nastąpić na konto bankowe rolnika. Ponadto musi ona nastąpić w ściśle określonym czasie, tj. w terminie 14 dni od daty zakupu. Dłuższy termin zapłaty możliwy jest jedynie w przypadku zawarcia stosownej umowy w tym zakresie. Co ciekawe ustawodawca nie wskazał natomiast, w jakim terminie należy wystawić fakturę VAT RR. Rodzi się pytanie, czy należy w tym przypadku stosować przepisy rozporządzenia w sprawie wystawiania faktur i np. ogólną zasadę 7-dni? Z jednej strony wydawałoby się to rozsądne. Z drugiej jednak ustawodawca szczegółowo uregulował zasady wystawiania tychże faktur w zupełnie innym miejscu – w samej ustawie o podatku od towarów i usług. Bez względu jednak na powyższe, aby odliczenie a zryczałtowanego zwrotu podatku VAT dla rolników ryczałtowych było możliwe, muszą zaistnieć dwie przesłanki: faktura VAT RR musi zostać wystawiona i zapłata za nabyte towary w określony sposób musi nastąpić w określonym czasie liczonym od daty sprzedaży, a nie daty wystawienia faktury (co bardzo łatwo można nie zauważyć). Wystawiona faktura pełni tutaj kilka istotnych funkcji: jej numer oraz data wystawienia muszą się bowiem (zgodnie z przepisami) znaleźć na dokumencie stwierdzającym dokonanie zapłaty jak też zawarte na niej informacje potwierdzają, że nabycie towarów nastąpiło faktycznie od rolnika ryczałtowego. Faktura taka wskazuje ponadto kwotę zryczałtowanego zwrotu podatku.